福建省煙草專賣局、中國煙草總公司福建省公司組建于1984年1月1日，實行“一套機構、兩塊牌子”管理，于2003年實施工商管理體制分設改革，2004年至2007年逐步取消全省縣級公司法人資格，建立省市兩級母子公司體制。目前，省局（公司）下轄9家設區市局（公司）、76個縣級局（分公司）、中國煙草福建進出口有限公司、福建煙草海晟投資管理有限公司以及控股三明金葉復烤有限公司和武夷煙葉有限公司2家煙葉復烤加工企業，主要負責全省的煙草專賣行政管理及執法監督、卷煙銷售及網絡建設、煙葉生產經營的組織和煙葉復烤加工等工作，現擁有職工1.2萬人、持證卷煙零售客戶20萬戶、煙農3.3萬戶。
2020年，在國家煙草專賣局和福建省委、省政府的正確領導下，福建煙草商業系統深入學習貫徹習近平新時代中國特色社會主義思想和黨的十九大、十九屆二、三中、四中、五中全會精神，增強“四個意識”、堅定“四個自信”、做到“兩個維護”，經受住了來自疫情沖擊、改革發展和經濟下行的重大考驗，扛起了黨的建設和企業發展的責任擔當，推動高質量發展邁出新步伐，較好地完成“十三五”規劃各項目標任務，為全面建成小康社會貢獻了應有力量。2020年，實現稅利182.4億元，全省建檔立卡貧困煙農361戶、貧困卷煙零售戶308戶全部摘帽脫貧，全國文明單位總數增至10家。
2021年，福建煙草商業系統將堅持穩中求進工作總基調，立足新發展階段，貫徹新發展理念，構建新發展格局，以推動高質量發展為主題，以深化供給側結構性改革為主線，以改革創新為根本動力，以滿足人民日益增長的美好生活需要為根本目的，堅持系統觀念，更好統籌發展和安全，落實“六穩”“六?！比蝿找?，堅持“總量控制、稍緊平衡、增速合理、貴在持續”方針，完善現代化煙草經濟體系，推進高效能治理，以“高質量新發展”目標為牽引，以“1234”工作思路為抓手，切實做好黨的建設、經濟運行、專賣管理、深化改革、企業管理、軟實力建設、隊伍建設等重點任務，保持經濟運行在合理區間，鞏固發展成果，確保構建新發展格局邁好第一步、見到新氣象，為“十四五”開好局，以優異成績慶祝建黨100周年。